You look well todayと You’re looking well todayは同じ意味

Look/feelで、人の外見や感情を表現できる。

• 現在の人の外見や感情を表現するときは現在形・現在進行形どちらでも使える。

ということで題名の文章は同じ意味となります。

他の例文：

How do you feel now?/How are you feeling now?（今の調子はどうですか？）

注意：現在のことを言わない場合は現在進行形は使えず、現在形のみとなる。

例文：

I usually feel tired in the morning.（私はいつも朝疲れている。）